明代，我国发明了预防天花的人痘接种术。据传，在我国宋代就有峨眉山“神人”给丞相王旦的儿子种痘，但是缺少确实可靠的材料。可靠的文献表明，最迟在明代隆庆年间1567—1572），在安徽太平县就开始种痘，并逐渐推广到全国。后来，人痘接种术流传到国外。1798年，英国的琴纳才发表牛痘接种成功的报告。

明代末期，《白猿经》中描述了纯白结晶乌头碱的提炼（清代赵学敏的《本草纲目拾遗》中有载录）。其实，提取乌头碱的记载早在宋代的《日华子诸家本草》中就有，当时的名称为射罔膏”，乌头碱的含量很高。这大概是世界上最早提取生物碱的记载。