宋代，我国设立了世界上最早的药局以管理药事，其中包括制剂管理的和剂局、收购检验和鉴别药材的药材所、销售药物的卖药所，以及慈善机构惠民局。为了校勘整理医书，宋代政府成立了世界上最早的整理医书的国家专门机构——校正医书局。在医学教育上，宋代发明了世界上最早的医学教学模型——针灸铜人。在医药研究方面，宋代还有诸多发现与发明，如用烧烙断脐和烙脐饼子贴敷防止脐风，从人尿中提取秋石（即性激素，有学者不同意秋石即性激素，并按历史记载的方法进行试验。但是从历史文献记载其功效判定作用与性激素相同），用全兔脑制作药物以催生（实际上应用了垂体后叶激素）。另外，宋代还产生了世界上较早的、最为系统的法医学著作——《洗冤集录》。

元代，在骨伤科和外科方面，发明了治疗脊椎骨折的悬吊复位法和外科缝合用的缝合曲针。