从汉代中医学术体系建立以来，中医学一直以传统的学术范式发展演进。这一传统的学术范式发展到明清时，确切地说是到温病学说出现时，达到了成熟和完善。历史证明，在温病学说以后，中医学就少有如此重大的成果。

中医学传统学术范式在臻于完善、各方面都被发挥到极致的同时，也会出现革新的力量。革故鼎新也是事物发展的规律。在传统与革新两种力量的作用下，明清医学一方面表现为传统的延续，同时医药学也出现了革新趋势。该趋势主要表现在以下三个方面：

第一，药物学透露出近代自然科学的倾向。有三部药学著作可作为这方面的标志：一是明代李时珍的《本草纲目》；二是清代赵学敏的《本草纲目拾遗》；三是吴其浚的《植物名实图考》。这三部著作中虽然大量内容仍然属于传统的实用药学，但是在生物分类学、生物进化论及植物学方面都提出了超出前人、异于传统的具有世界科学意义的认识结论。

第二，传染病研究出现了近代科学的思想。对传染病的认识，在我国具有千百年的历史，也总结有大量成功的治疗方药。但是在明清以前，对传染病的认识都是在传统学术范式内展开的。明末清初的杰出医学家吴有性，在对传染病进行系统观察的基础上，从病因方面一反传统的六淫之说，提出了“戾气学说”。他认为，戾气致病由口鼻而入，戾气不同可导致不同的疾病；戾气致病具有“人病而禽兽不病”“牛病羊不病”等特异性；戾气是物质性的，致病具有传染性。尽管他的《温疫论》一书大量内容也属于传统医药的范畴，但“戾气学说”已与后来的病原微生物理论有诸多相似之处，的确是不同凡响的创见。同时，清代温病学派按照传统模式建立起了新的热病理论体系，“戾气学说”也只能作为个案性的创见而游离于常规的中医病因学体系之外。

第三，解剖生理学出现了新的发展方向。中医学历史上并不乏解剖记载，但是受客观条件所限和中国传统文化思想影响，对解剖的开展是很有限的，因此，中医学理论并没有完全建立在解剖学基础上。清代王清任有感于古人解剖记载的错误，立志研究解剖生理，著成《医林改错》一书。在书中他大力倡言解剖，并试图以自己的解剖发现说明人的生理现象。实事求是地说，由于时代局限及他的研究方法的限制，他的解剖生理研究有许多错误，整体水平也不高，还不足以建构真正意义上的生理病理学说。但重要的不是他的研究水平，而是他的研究方向终究是大异于传统学术范式的。