经过晋唐数百年的经验积累和方药荟萃，中医学理论客观上需要给以总结，以便把握规律。面对晋唐积累的大量经验，宋元医家结合临床实践，进行了一系列理论探索。

首先，宋元时期的大量医药著作与晋唐时期相比具有不同的风格。此时期医家著书一反单纯记载经验和方药的做法，大大加强了理论讨论的内容。如宋代官修的《太平圣惠方》和《圣济总录》，无论总论还是各门概论，都进行了大量的理论陈述和分析。宋元个人医药著作也都在不同方面探索和总结了中医理论的内容。著书往往不但专科化，而且逐步走向专病化和专题化。论述内容不再限于经验结果，而是追溯原因和学理。

其次，在进行理论探讨的过程中，由于认识角度、认识方法、经验差别及所依据指导思想的不同，会产生不同的结论和观点。由此，宋元时期便出现了学派争鸣和各家学说。学派和各家学说的出现，正是理论总结和探索的产物，标志着这一时期医药学发展的成就。